Quando alla morte repentina di papa Benedetto XI seguì l’elezione del guascone Bertrand de Got e la sede pontificia si trasferì ad Avignone la città di Rieti ne subì le inevitabili conseguenze, travagliata dalle contese fra guelfi e ghibellini ed esposta alle ingerenze dei re di Napoli. Anche qui, inoltre, la popolazione fu falcidiata dalla peste nera del 1348. 

Nel 1354, Rieti aderì al progetto di restaurazione dell’autorità pontificia perseguito dal cardinale Albornoz e venti anni più tardi rimase fedele al papa nel corso della guerra degli Otto Santi (1375).

Al ritorno di papa Gregorio XI, la città governata da Cecco Alfani promise obbedienza all’autorità pontificia, ottenendone in cambio la conferma degli antichi privilegi. Con lungimirante sagacia, Cecco Alfani aveva intrapreso un lucido progetto di insignorimento, perseguendo l’ascesa del casato di parte guelfa mediante la carriera politica ed ecclesiastica dei suoi tre figli: a Rinaldo era stata infatti destinata la custodia della rocca di Montecalvo, importante presidio militare a guardia del valico della Val Canera, a Ludovico la cattedra vescovile, a Giannandrea il priorato dell’abbazia di Sant’Eleuterio.

Ma il 9 febbraio 1397 a  Cittaducale furono feriti a morte in un agguato sacrilego il vescovo Ludovico e l’abate Giannandrea. 

Solo Rinaldo scampò alla congiura e sottopose gli avversari ad una violenta repressione. La breve fortuna politica di Rinaldo Alfani, nominato Vicario di Rieti da papa Martino V, dura fino al 1425, quando i fuoriusciti sferrarono un duro attacco alla rocca di Montecalvo, sottraendola al controllo alfanesco. 

Deposto Rinaldo dalla sua carica di Vicario, il Comune ne confiscò i beni e trasferì la sua sede istituzionale dagli edifici di piazza del Leone al palazzo di proprietà degli Alfani, quasi a rendere manifesta la solidità delle istituzioni.